簡単に確認してみましたが、問題ないようです。

設定を詳しく教えてください。

配送方法はどれどれ選択しているのか、
配送関連の全項目をご連絡ください。

「その他の配送サービス」のみ選択、
1から5まで「その他」にして、それぞれに発送方法を書いています。
自動出品動作中はちゃんと「その他」が選択され、
それぞれの発送方法も入力されますが、なぜかすべての欄が（残り15文字）のままです。
手作業時は1字入力するごとに即座に残り文字が減りますので
自動出品時、画面上は入力されていても実際は何も書いてないことになっているのかな？と。

自動出品の結果、
「正しく入力されていない項目、または未入力の項目があります。（1箇所）」となり、
配送方法が一切入力されていない状態になっています。

ちなみに1を「ゆうパック」で、他をそのまま「その他」でやってみましたが
「ゆうパック」以外の方法は入力されませんでした。
ちょっと前は問題なく入力できてましたので設定変更か？と安易に
相談させていただきましたが問題ないとのことで、当方の問題ですね。
大変ご迷惑おかけしました。

すみません書き忘れました。
配送方法の設定ですが、
「落札後に連絡」、
「その他」のみチェックし、
「配送1＝その他」を選び、独自の配送方法を書いていました。

ヤフオク側で若干の変更があったようです。

修正版を　6.21 でアップしましたので、
ダウンロードのページよりどうぞ。

エラー修正確認いたしました。ありがとうございました！

はじめまして。
最近利用させていただいております。
同じく配送設定がうまく設定されてないようなのでメッセージいたしました。
最新版を使っています。

配送設定　１　に出品時入力、その他をチェックし、
配送１　をその他　（中身もその他）　に設定して出品していますが、
出品後のものを確認するとすべてゆうパックお手軽版（匿名発送）のみの
発送方法の指定となってしまっています。
ご確認いただければ助かります。
（送料無料、その他の発送で発送設定したです）

配送料の負担者が、落札者になっているのではないですか？

設定１の送料負担を変更するにチェックを入れて、出品者負担にすればどうでしょうか？